市面上有大量益生菌補充品，價錢及質量參差，消費者購買前應考慮以下各項為上：
益生菌數量
益生菌要有一定數量才可以穩定的發揮作用，而益生菌的攝取量及其於腸道存活量亦有所不同，此取決於個人腸道的環境，如纖維數量及水份是否充足，才能令益生菌生存，順利達至腸道發揮作用。既然益生菌能生存於腸道裡的數量有限，過量攝取益生菌也未必能全數發揮它們的作用。市面上部份產品標榜含500-1000億菌株的產品，專家建議選擇菌數介乎「百億以上，千億菌以下」的益生菌，功效就已經足夠。
單一菌種vs複合菌種
相比起單一菌種的益生菌，選擇可互相配合、不同菌種的複合益生菌，可以「共生共存」、相輔相成，配合纖維產生「益生菌優勢原理(synbiotics)」，增加益菌數量，令益菌不會容易地被一舉殲滅，達至保護腸道、平衡腸道健康的作用。
益生菌配方
益生元是益生菌的食物來源，若要益生菌有良好的生長環境，就需要補充益生元 ─ 益生菌的食物，有助益生菌於腸道生長，增加好菌數量，同時抑制害菌生長。膳食纖維、寡糖等都是益生元。配以多種蔬菜及水果成份 (即益生元)的益生菌配方，能促進腸胃健康之餘，更為您補充每日所需營養，增強您的免疫力及抵抗力，保持身體及情緒健康。
益生菌劑型
液狀益生菌多是乳酸飲品或是乳酪類別的產品，其劑型相對不穩定，保存期較短因此其安全性及衛生都較其他類型差。而製作錠劑及膠囊的過程中，不可避免會經過高温加壓或使用一些化學添加劑，高温容易造成菌株的壞死，化學添加劑對人體亦不好。所以數個不同形態的益生菌中，粉狀益生菌為最佳選擇。
產品無添加
縱使有好的益生菌為腸道把關，產品有否添加劑亦是重要，例如糖、鹽、乳糖、麩質，以免對身體造成其他問題。